这种空调系统热源和冷源集中，对空气的基本参数的调整易于实现，它处理空气量大，也便于净化参数控制，运行可靠，是目前大型集群式净化实验室的选择方式。分散式洁净室空调系统大多局限于局部实验室需要净化处理的情况，把单独的空调处理系统安置在净化实验室或净化实验室的不同区域，在出风口通过各类过滤器和净化装置如风机过滤单元(FFU)对空气进行净化处理，每一个末端处理系统可以单独对空气参数进行调节，也可以实现对不同净化实验室净化等级的控制。
随着对洁净实验室洁净度要求的不断提高，还需要用到超高效过滤器, 那么要求空气处理机组也至少要配置初效、中效、亚高效过滤器系统, 这样对机组的强度要求更高, 对空气处理机组送风机的压头会更大，而对于生物洁净实验室，含菌量也是主要控制参数之一，在空气净化处理方法上一般应增加过滤器，不仅可以有效的滤去空气中的尘埃，也可以阻断细菌和病菌在空调系统中传播和扩散，特别是高效过滤器，对于大气中浮游的病菌、细菌的捕捉效率实际上能达到标准，也可采用有效防止过滤器细菌滋生的过滤器。如含抗菌剂INTESEPT的过滤器、二氧化钛过滤器等，过滤器要定期更换。
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