实验室的节能设计通常采用绿色建筑的理念。实验室比较大的能耗是由通风柜或设备排气带走的空气能量，因此，实验室的通风和空调设计是节能的重点。如果这两组之间不可能有区别的话，那么，实验室的通风和空调设计就是重点。通风柜在工作时应持续向外通风，房间内的冷热室内空调空气应在夏季和冬季持续排出室外，以增加大量的能源消耗。"为此，我们有几种设计方案：(1)自然补风：在设置通风柜的房间内打开窗户，使大量的连续排风量在保持正常回风量的同时，主要来自室外新鲜空气供应。然而，正是这种未经温湿度处理的新鲜空气对室内环境温湿度产生了负面影响，即实验室在冬、夏两季都是冷热的，因此不推荐将此方案作为主流做法。一项改进是在室内设置一个直接的进风口，但风要经过额外的盘管处理(根据需要加热和冷却)，然后填充到室内，这样房间的温度就可以提高，也就是说，在春季和秋季可以直接补充空气，冬天和夏天可以适当地加热和冷却空气，这样环境温度就可以在一个可接受的范围内。
建设洁净实验室时对人身净化路线的要求 （1）为了在操作中尽量减少人活动产生的污染，人员在进入洁净区之前，必须更换洁净服并风淋、洗澡、消毒。这些措施即"人身净化"简称"人净"。 （2）人净用房中更换洁净服的房间应予送风，并对入口侧等其它房间保持正压，对厕所、淋浴保持少许正压，而厕所、淋浴应保持负压。对物料净化路线的要求 （1）各种物件在送入洁净区前必须经过净化处理，简称"物净"。 （2）物料净化路线与人净路线应分开，如果物料与人员只能在同一处进入洁净室，也必须分门而入，物料并先经过粗净化处理。 （3）对于生产流水线不强的场合在物料路线中间可设中间库。（4）如果生产流水线很强，则采用直通式物料路线，有时还需要在直通路线中间设多次净化、传递设施。（5）在系统设计上，物净用房的粗净化和精净化阶段由于会吹落很多生微粒，所以相对洁净区应保持负压或零压，如果污染危险性大则对入口方向也要保持负压设计。
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