在洁净实验室建筑的设计中，必须确保净化室干净易清洁，防止内部和外部污染，防止微粒产生的滞留和积累。使用性能可靠的净化室的建筑设计，确保施工设备的安全运行，并在发生故障时确保人员和财产的安全。主结构应具备洁净室的技术和设备水平、建筑处理和转世水平、净化设备的耐用性和耐火性，装饰应与设备水平相协调，以使其长期发挥作用。能够适应未来变化的设施应能灵活地清理厂房的建筑平面和空间布局，并为生产过程的调整创造条件。主体结构应采用大空间大跨度柱网，不应采用内墙承重体系。这样，就可以在不增加面积和高度的情况下调整工艺和生产设备。
洁净实验室之所以洁净，是因为首先使用特殊的工艺阻隔空气与使用空间的自由交流，然后借助于人工的方式把空气处理之后输送到使用空间，当然这里既要输送新风也要输送浊风，所谓浊风就是把使用空间内的空气输送给外界经过处理后使之成为洁净的空气重新输送回使用空间。 其原理可以用下面的流程图来简示：空气气流→初效空气处理→空调→中效空气处理→风机送风→净化管道→高效送风口→洁净室→带走尘埃→回风夹道→新风、初效空气处理。 用于洁净实验室的空调通风系统主要由空气处理设备、粗高中效过滤器、空气输送设施和局部净化设备组成，这些设备类型各异、作用不同。空气处理设备一般是由空调器(AHU)、新风机组(MAU)和循环机组(RAU)组成的一整套机组，是空调净化系统常用的空气热湿交换和空气净化处理设备。
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